Alla giurisdizione propriamente del Nunzio appartenevano i processi di qualche importanza contro i frati; ma in materia di fede non mancavano di occuparsene ancora, quando glie ne capitava l'occasione, da una parte il Vicario Arcivescovile che menava innanzi il servizio del tribunale Diocesano, e d'altra parte il Commissario della S.ta Inquisizione universale, che Roma non cessò mai di tenere in Napoli malgrado l'opposizione vivissima più volte manifestata dalla città, e che in quel tempo era Monsignor Carlo Baldini di Nocera, Arcivescovo di Sorrento ed insieme, dal 1567 in poi, lettore di jus canonico nel pubblico studio. Appartenevano egualmente alla giurisdizione del Nunzio e davano moltissimo da fare, oltre le materie di fede, anche i costumi, e non solo quelli de' frati ma altresì quelli de' numerosi Cavalieri Gerosolimitani che si chiamavano parimente frati; poco di poi, per uno speciale ordine del Papa, furono assegnate al Nunzio anche le cause de' clerici in relazioni co' fuorusciti, de' clerici, come oggi si direbbe, manutengoli de' briganti, e che allora si dicevano clerici in "negoziazioni illecite"; a tutto ciò si aggiungevano le non poche cause relative all'esazione de' parecchi redditi spettanti alla Camera Apostolica, essendo il Nunzio anche Collettore degli spogli de' Vescovi, preti e clerici beneficiati, che venivano a morire. Non mancavano poi, di tempo in tempo, cause di ogni genere concernenti clerici di ogni maniera, regolari e secolari, che il Papa per ragioni speciali commetteva al Nunzio.