E da quel carro dicea doversi dedurre una nuova filosofia, i cui canoni supremi sono che Cristo è stato crocifisso, adorato, e ha convertito il mondo; e la Vergine, i martiri, la Santissima Trinità sono adorati dai Cristiani. Nè di rado il Savonarola ritorna sulla necessità delle opere, sul libero arbitrio, sulla cooperazione dell'uomo alla Grazia; che se l'espressione non è sempre esattissima come dopo le definizioni tridentine, abbastanza rivela di pensar come la Chiesa cattolica; quantunque la Grazia diasi gratuitamente, noi dobbiamo apparecchiarci a riceverla forzandoci di credere, pregando, operando303. «Vuoi tu ricevere l'amor di Gesù Cristo? fa di consentire alla divina chiamata; il Signore ti chiama, fa tu pure qualche cosa»304. Aveva anzi in gioventù addottato questo motto: «Tanto sa ciascuno quanto opera»: talmente era lontano dalla passiva aspettazione della Grazia.
      Ma nella meditazione sul Miserere fatta in prigione, poneva: «Spererò nel Signore, e presto sarò liberato da ogni tribolazione. E per quali meriti? Pe' miei non già, ma per i tuoi, o Signore. Io non offerisco la mia giustizia, ma cerco la tua misericordia. I Farisei si gloriarono nella loro giustizia; onde non hanno quella di Dio, la quale si ha solo per grazia; e nessuno sarà mai giusto innanzi a Dio, solo per aver fatto le opere della legge.
      «O cavaliere di Cristo: di che animo sei tu in queste battaglie? Hai tu fede o no?
      «Sì, la ho.
      «Ben sappi che questa è una grande grazia di Dio, perchè la fede è suo dono, e non per nostre opere: acciò nessuno si possa gloriare».