Sul punto così controverso delle indulgenze, il Concilio definì soltanto ch'esse sono utili, e che la Chiesa ha autorità di concederle, ma vuolsi farlo con moderazione, per non isnervare la disciplina ecclesiastica. Desiderando poi emendare gli abusi, per occasione dei quali dagli eretici sono bestemmiate, abolisce in generale qualunque guadagno per conseguirle; agli altri disordini che vennero da superstizione, ignoranza, irriverenza provedano i vescovi.
      Lutero dapprincipio accettava sino il purgatorio e le applicate espiazioni, e nelle tesi del 1517 poneva: «Se alcuno nega la verità delle indulgenze del papa, sia anatema»424. Nessuno è certo della verità della sua contrizione, e tanto meno della pienezza del perdono425. E anche più tardi conveniva della eccellenza della Chiesa romana e della sua autorità426.
      La confessione auricolare, che è uno degli atti più repugnanti alla umana superbia, ed una delle primarie cagioni per cui alla Chiesa si ribellò tanta parte del mondo427, aveva l'approvazione de' primi riformati. L'uso del calice era stato abbandonato per convenienze disciplinari che potrebbero scomparire428; e già coi Greci e cogli Ussiti erasi condisceso in molti riti.
      Le spiegazioni a cui si venne posteriormente per tentar di rannodare le varie Chiese acattoliche, o per condannare quelle che si scostavano dalla così detta ortodossia protestante, chiarirono come i dogmi cattolici in proposito de' sacramenti e della giustificazione429 fossero osteggiati in un senso meramente arbitrario.