Saziate la cupidigia dell'animo vostro; bruciatemi per Cristo; perchè son andato a consolar l'infelicissimo Spiera, e divulgai ciò che Dio stesso vuol si divulghi, cioè che la verità conosciuta non venga dissimulata, non negata, non offuscata».
      Con ciò il Vergerio scoteva la polvere dai piedi, abbandonando affatto la Chiesa. Subito se ne levò rumore in Italia non solo, ma in Europa; tanto era allora insolito il disertare la propria bandiera; esclamavasi che caduta simile non si fosse mai vista, e paragonavanla a quella di Lucifero; non pochi incolpavano la Corte romana d'avere spinto agli estremi un uomo che possedea tanti secreti, tanta abilità di controversia, tanta eloquenza: il papa in concistoro del 3 luglio 1549 lo dichiarò contumace, e perciò scaduto dalla dignità vescovile e incorso nelle pene ecclesiastiche; più tardi venne scomunicato e bandito.
      Già prima era stato privato del vescovado, e datogli successore il domenicano Tommaso Stella veneziano: e al 12 ottobre 1549 il Casa al cardinal Farnese scriveva: «Quanto prima si fa che il vescovo di Capodistria vadi alla diocesi, tanto fia meglio, perchè sua signoria è sollecitata e di qua con parole, e di là con lettere, e anco la cosa stessa sollecita per sè medesima».
      E al 9 novembre:
      «Il vescovo di Capodistria fu spedito, ed ha preso licenza dalla signoria per andarsene alla chiesa con molta laude e favore. E del Vergerio non so niente altro, se non che ha scritto e stampato un altro suo volume, dove, per quanto mi è scritto da Bergamo, dice molto male di Nostro Signore e di me.