I principi protestanti ricusavano risolutamente la tolleranza; poichè, essendosi arrogata la podestà sopra le cose religiose, una sola religione doveano volere, per non indebolire il governo; e Calvino che non vuol separazione della Chiesa dallo Stato, invocava contro i dissidenti la pena di morte, attesochè nessuno può ricusare di riconoscere l'autorità de' principi sopra la Chiesa senza attentare contro la monarchia, ch'è stabilita da Dio307; e faceva bruciare Serveto, flagellare, bandire altri. Fino il soave Melantone augura che qualche uomo forte voglia acquistarsi gloria coll'assassinare Enrico VIII308; ed approvava affatto quei supplizj: Vult Deus blasphemias et perjuria severissime puniri, et punit ipse alastoras, illos impiorum dogmatum auctores, cum magistratus officium suum negligunt; ac tunc quidam simul et magistratus et imperia delet... Dedit vero et Genevensis reipublicæ magistratus insanabilis blasphemiæ adversus filium Dei, sublato Serveto, pium et memorabile ad omnem posteritatem exemplum309. E seguitava: «Grazie al Figliuol di Dio che fu spettatore e giudice del nostro combattimento, e che ne sarà la rimunerazione. La Chiesa pure vi dovrà esser riconoscente. Io sono affatto del vostro parere, e tengo per certo che le cose essendo state fatte con regola, i vostri magistrati operarono secondo il diritto e la giustizia facendo morire il bestemmiatore». Teodoro Beza scriveva un libro a sostenere essere libertas conscientiarum diabolicum dogma, e l'articolo trentasei della Confessione Elvetica porta: Stringat magistratus gladium in omnes blasphemos, coerceat et hæreticos310. Enrico VIII ed Elisabetta scrivevano tiranniche ordinanze col sangue de' Cattolici, come Maria e Filippo II con quello degli Eretici.