E voi, se vi piace la nostra grazia, vi sforzerete per impedir tali errori, e ci darete subito avviso. Dalla massa della preda che non è stata divisa vogliamo che si renda a quelle chiese tutto quello che gli è stato tolto. Eseguite e state sano».
      Cosimo favorì la convocazione del Concilio di Trento, e fin dal 9 dicembre del 47 scriveva al Pandolfini: «Sua beatitudine dovrà, come prudente, ben considerare quanto importi l'essere unita coll'Imperatore e Reformati, e reunire le cose della religione che son tanto necessarie, e di non lassar perdere questa bella occasione di ridurre alla Chiesa le provincie di Germania, sendone questa sì gran membro, e quella che è sempre stata infetta ed ha infettato le altre, e pur ora con la grazia di Nostro Signore Dio consentì di star alla determinazione del Concilio, che non è certo poco, avendolo S. M. disposta a questo».
      Molte altre lettere rincalzano il proposito, e singolar attenzione merita questa, che da Roma450 il 16 novembre 1558 scriveva al Ferrero:
      «Noi volevamo partire per ritornarcene a Siena, ma sua santità, che ci onora e carezza troppo, ci ritiene col dire che, siccome siamo stati in certo modo autori che ella apra il Concilio universale, che fu la causa della chiamata nostra qua, vuol ancora che ci troviamo all'atto et alla messa solenne del Santissimo Sacramento, la quale, a Dio piacendo, celebrerà sua beatitudine la domenica a otto che viene». Di propria mano aggiunge: Non ci fate autor di questa cosa.
      In altra lettera451 esorta a proseguire il Concilio, e mostra la necessità di riformar la Corte romana.