Esso aveva ovviato a molti scandali, ed ultimamente pensava di aver ridotte le cose in modo, che si potesse sperare qualche composizione: e dissemi certi capi importanti che ultimamente suo fratello avea ottenuto da que' primi là della setta, e nominommene più, ma io non mi ricordo se non di Martin Lutero e del duca di Sassonia. La cosa di più momento era che si riducevano a voler confessar che il papa fosse il capo della Chiesa, e tener i sette sacramenti, però con certe limitazioni.....»
      In Napoli nel 1536 il Carnesecchi prese usata con Pietro Valdes, l'Ochino, il Vermiglio, il Caracciolo, poi in Viterbo nel 1541 col vescovo Vittore Soranzo, il Vergerio, Lattanzio Ragnone di Siena seguace dell'Ochino, Luigi Priuli vescovo, Apollonia Merenda, Baldassare Altieri apostato luterano e librajo, Mino Celsi: ebbe dimestichezza con Vittoria Colonna, Margherita di Savoja, Renata di Francia, Lavinia della Rovere Orsini, Giulia Gonzaga, alla quale raccomandò due eretici. Scrivendo a Protestanti, e' li chiamava fratelli, pii, innocenti, nostri, da Dio eletti: ad essi rimetteva denari; biasimò un signore, che in fin di morte, fece profession di fede cattolica, mentre lodò la finale costanza del Valdes, della cui morte si condolse amaramente con lui Jacobo Bonfadio465. La morte di Enrico II attribuiva alle persecuzioni che fece contro i Riformati, e a giusto giudizio di Dio l'incendio degli archivj dell'Inquisizione alla morte di Paolo IV.. Con Melantone466 e con altri eretici trattò di presenza, e col credito e col denaro osteggiò l'autorità pontifizia e i frati.