Singolarmente palesò opinioni eterodosse in una lettera al Flaminio sopra la messa, ma citato a Roma sotto Paolo III nel 1546, seppe farsi assolvere. Di nuovo l'Inquisizione lo processò mentre stava in Francia, ma il favor della regina Caterina valse a salvarlo. Tornato in Italia e piantatosi a Venezia, continuava l'andazzo, onde Paolo IV citollo nel 1557.
      Il Carnesecchi avea avuto la fortuna di trovare in Venezia un amico, qual di rado hanno i profughi e gli accusati; e che non solo il confortava, ma toglieva a difenderlo, e tenevalo raccomandato al duca. Quest'era Pero Gelido di Samminiato, ecclesiastico di molta dottrina, stato già segretario al cardinale di Ferrara, poi dal duca messo suo residente a Venezia, ove gli scriveva il 25 novembre:
      «Del travaglio ch'è stato mosso dalla Inquisizione di Roma a monsignor Carnesecchi ci dispiace assai, perchè, amandolo come facciamo, li desidereremmo piuttosto augumento di onori e di comodi che novità di molestie. Confidiamo nondimeno che egli colla innocenza sua facilmente remedierà a tutto, e con la prudenza saperà pigliare quelli espedienti che saranno più opportuni per la sicurezza sua. È ben vero che il proceder della detta Inquisizione è molto rigoroso, e non basta molte volte esser netto, come voi sapete, e come crediamo ch'egli sia».
      E al 14 aprile 1558:
      «Per il negozio del nostro monsignor Carnesecchi abbiamo scritto caldissimamente al cardinal Caraffa e all'ambasciador nostro, conforme a quella intenzione che s'è possuta comprendere dalle lettere sue e vostre: e perchè intendevamo che aveva fatto elezione della persona di Filippo Del Migliore che andasse a Roma per attendere alla istanza di questa causa, ce ne siamo contentati molto bene, e di tal nostra soddisfazione glien'abbiamo dato avviso col fargli lettere ancora al nostro ambasciadore perchè l'accompagni di tutti quelli ajuti e favori che gli bisogneranno.