Il bargello lo levò dal ginocchiatojo, gli pose una sopravesta a fiamme, e lo menò in una stanza dove fu degradato, indi chiuso in Tordinona.
      Moltiplicaronsi suppliche al papa pel perdono, ed egli rispondeva essergli impossibile, se pur non si pentisse. A tal uopo sospese dieci giorni l'esecuzione: i frati furon attorno al condannato per convertirlo, ma egli rispondeva, voler Dio ch'egli morisse, e così voler egli pure, e disputava in sinistro senso fin col Cappuccino che il confortava. Alfine venne decapitato ed arso, senza segno di pentimento, anzi volendo mettersi guanti e biancheria nuova sotto al funesto sanbenito479.
      Il residente veneto ai 27 settembre 1567 scriveva alla signoria:
      «Fu fatto domenica l'atto solenne della Inquisition nella Minerva, con intervento di tutti i cardinali che qui si trovano, secondo che sua santità nel concistoro precedente li aveva esortati, eccetto il cardinale Boncompagno, che non vi volse andar per rispetto d'un suo nepote che doveva abjurar. Ed un altro cardinale (Morone?) ancora prese licenza dal papa per andar fuori della terra, per non si ritrovare, dubitando di poter essere da tutti riguardato, pel rispetto della stretta amicizia e conversazion che avea avuta col Carnesecchi, che dovea comparir tra' condannati. Furono i rei diecisette, de' quali quindici si sono abjurati, restando condannati, chi serrati in perpetuo fra due muri, chi in prigion perpetua, chi in galea perpetua o per tempo, et alcuni appresso in certa somma di danari per la fabbrica che s'ha da far d'un ospital per gli eretici, e tra questi vi sono stati sei gentilomini bolognesi; ma gli altri due sono stati rimessi al foro secolare, e conseguentemente destinati alla morte et al foco.