Dopo lungo carteggio, l'Indice venne modificato dal Pasquali, ed allora il 3 marzo 1559 una quantità di libri fu mandata in fiamme sulle piazze di Santa Croce e di San Giovanni493.
      Eppure l'ottobre 1570, l'inquisitore scriveva al granduca come fosse smisurato il numero de' libri proibiti che vendeansi a Firenze, e domandava di poter ordinare; 1° che i libraj fra quindici giorni diano la nota di tutti i loro libri, nè abbiano a vendere che i catalogati; 2° nulla si stampi senza licenza dell'inquisitore; 3° non possano acquistarsi libri di morti, non visti dal Sant'Uffizio; proponendo multe pei trasgressori. Il segretario Torelli rispondeva esser inammissibile il 1° e il 3° punto, pel gran danno che ne ridonderebbe ai mercanti; il 2° già praticavasi; del resto i libraj avevano rimostrato come l'arte loro fosse già in tal decadenza, che per fattorini e garzoni di bottega non poteano omai trovar altro che figliuoli di birri494.
      Non vogliamo qui preterire come assai tardi sopravvivesse la venerazione verso il Savonarola; e al 20 agosto 1593 l'arcivescovo di Firenze495, ambasciatore a Roma, scriveva al granduca che «per l'ostinazione de' frati di San Marco, la memoria di frà Girolamo Savonarola, che era dieci o dodici anni fa estinta, risorge, pullula, ed è più in fiore che mai stata sia: si seminano le sue pazzie tra i frati e le monache, tra i secolari, e nella gioventù: fanno cose prosuntuosissime; occultamente gli fanno l'offizio come a martire, conservano le sue reliquie come se santo fusse, insino a quello stilo dove fu appiccato, i ferri che lo sostennero, li abiti, i cappucci, le ossa che avanzarono al fuoco, le ceneri, il cilicio: conservano vino benedetto da lui, lo danno alli infermi, ne contano miracoli: le sue immagini fanno in bronzo, in oro, in cammei, in stampa, e quello che è peggio, vi fanno inscrizioni di martire, profeta, vergine e dottore.