A dir suo, Paolo IV vide il libro di Calvino contro Serveto ove sostiene jure gladii hæreticos esse coercendos, e ne pigliò fidanza a istituire il Sant'Uffizio, come egli stesso ebbe a dire in concistoro; notizia che il Leti ricava da un libro a me ignoto, Mendi, le rivoluzioni di Roma contro al tribunale dell'inquisizione. «Una inquisizione più orribile di quella di Roma» a Ginevra sentenziò alle fiamme il Livello politico, l'Itinerario, il Vaticano languente, opere del Leti in cui trovava proposizioni repugnanti alla fede, ai costumi, allo Stato, ed egli fu cancellato di cittadino.
      Di Girolamo Cardano da Gallarate, scienziato non vulgare, autore di varie scoperte, eppure teosofista, astrologo e ciarlatano sfacciato, in altro luogo divisammo (Vol. ii, pag. 372). Qui badando solo alle sue opinioni religiose diremo come a principio nel De Uno sostenesse l'unicità dell'intelligenza secondo Averroé: di poi la negò nel De Consolatione; infine nel Theonoston volle conciliar le due opinioni, col dire che l'intelligenza può considerarsi nella esistenza eterna ed assoluta, oppure nella fenomenica nel tempo; è unica nella sorgente, è molteplice nelle manifestazioni; soluzione che molti aggradiranno: ma Giulio Cesare Scaligero, suo gran nemico, l'accusa sempre di averroista. Più viene al caso nostro il passo De subtilitate, dove fa argomentare un contro dell'altro un Cristiano, un Musulmano, un Ebreo, un Gentile, e non tira alcuna conclusione, lasciando perfin sospeso il periodo.
      I Gonzaga di Mantova tenevano per l'imperatore, e perciò avversavano il papa; Ferrante Gonzaga era generale nell'esercito cesareo quando saccheggiò Roma; Giulia Gonzaga era stata scolara del Valdes; Guglielmo Gonzaga ricusò mandar a Roma alcuni, citati per eresia. Di ciò indignato, e perchè Mantova fosse un nido d'eretici (Bzovius), il papa voleva assalirlo colle armi nel 1566, ma gli altri principi s'interposero.