Grave è inoltre la colpa della magistratura ordinaria relativamente all'istruzione dei processi. Dato pure e non concesso che fosse stata legale la istituzione dei Tribunali militari e che si fosse potuto applicare l'anti-giuridico e mostruoso principio della retroattività, ne derivava che la magistratura ordinaria non avrebbe dovuto menomamente impicciarsi dei reati e dei processi nei quali veniva riconosciuta la competenza della giurisdizione eccezionale militare; così facendo si sarebbe potuta accusare la magistratura di vigliaccheria e non altro. Essa invece ha tolto l'incomodo ai Tribunali militari - violando il Codice penale militare - d'istruire i processi e glieli ha presentati belli e completi rendendosi non solo complice di tutte le enormità di detti processi, ma principale responsabile di tutte le flagranti irregolarità, che vennero esposte in questo stesso capitolo sulla condizione sospetta dei denunziatori e dei testimoni e sul valore delle prove raccolte.
      Onde su di essa ricade la maggior parte della colpa delle sentenze inique dei Tribunali di guerra, perchè questi giudicarono quasi sempre sulle orme delle requisitorie dell'avvocato fiscale e alla sua volta l'avvocato fiscale non fece che copiare le requisitorie del Procuratore del Re colle quali si mandavano gli accusati innanzi ai primi. I militari, in fatto di diritto e di applicazione delle pene, dovevano e potevano mostrarsi, essi che non li hanno mai studiati, più meticolosi e meno severi dei magistrati? Non era possibile sperarlo.