In breve si giunse all'Indice. L'originale pensiero d'un indice non è italiano; ci venne dalle università di Parigi e di Lovanio, imitato fra noi per la prima volta nel 1545 dalla repubblica di Lucca, che per sfuggire alle minaccie di Roma stendeva un catalogo di libri da bruciarsi o consegnare entro quindici giorni21. Giovanni De la Casa, uomo letteratissimo, intimo de' Caraffa e ne' suoi costumi quali erano tutti gli altri prelati, essendo legato a Venezia die' fuori nell'anno 1548 il vero primo indice che si sia visto in Italia, contenente all'incirca sessanta nomi. Rilevandone i grossi spropositi, il Vergerio gli scrisse contro; onde più particolareggiato e meno scorretto il catalogo compariva a Firenze nel 1552. Il Vergerio tornando a scrivergli contro, monsignore rispondeva coll'edizione di Milano nel 1554.
      Meglio provvide il Caraffa; divenuto Paolo IV, ordinava l'Indice primo di Roma, uscito alla luce nel 1559 e nella forma che ancora conserva. Questo Indice fu la vera distruzione del nostro commercio librario; imperocchè non solo proscrivesse tali o tali altre opere, ma tutte le opere di qualunque genere e di qualunque scrittore, unicamente perchè uscite da certe tipografie, come di Giovanni Secerio, di Roberto Stefano, di Giovanni Oporino, per nominare i più celebri. L'Oporino avea già dato alla luce 750 opere; tutte per l'Italia e pei cattolici in generale vietate. Secondo Paolo IV è scomunicato e passibile dell'inquisizione non solo chi scrive, chi stampa e chi legge libri vietati, ma chi unicamente li serba, non leggendoli, in un armadio rinchiusi; ei fa un obligo di coscienza a tutti di accusare siffatti libri, di consegnarli o distruggerli.