Il gran capitano prima di portare le armi in Calabria, cominciò in Sicilia ad operare dispoticamente in tutto ciò, che riguardava il militare; nè di quanto determinava ne facea punto inteso il vicerè la Nuça. Così sul timore che il Turco non invadesse il nostro regno, fece fortificare i due castelli di Maniace, e di Agosta, e al primo destinò per castellano Luigi Peixo con una guarnigione di 159 soldati. Depose inoltre dalla carica di strategoto di Messina il conte di Condojanni, e da quella di capitano di armi di [134] Catania Guglielmo Moncada. Restò il vicerè dispiaciuto di queste risoluzioni fatte senza sua intelligenza, e ne fece delle alte lagnanze; ma indarno, poichè questo altiero soldato, che per altro dalla corte di Aragona avea ricevuto ogni potere, non ebbe alcun riguardo alle leggi di convenienza.
      Lasciò scritto il Pirri (582), che vien seguito dall’Auria (583), che agli 11 di agosto 1500 venne in Palermo la regina vedova di Ferandino re di Napoli, che avea nome di Giovanna, e ch’entrò in città a cavallo servita da Giovanni Paternò arcivescovo di Palermo, che prese la destra, e dal vicerè Giovanni la Nuça, che si contentò di occupare la sinistra, e che dietro ad essi eravi il pretore della città. Soggiunge, che trattenutasi questa principessa alquanti giorni in questa Capitale, partì per Mazara (città allora reginale, e appartenente al regno di Napoli) accompagnata da uno stuolo di nobili, e che fu ivi onorevolmente ricevuta dal decano della Cattedrale, essendo assente il vescovo.