La prigionia di questo torbido cavaliere, quantunque fattasi per altro motivo, sconcertò le mire de’ congiurati, i quali temendo che la cospirazione non si discuoprisse, spedirono di nuovo in Francia, per sollecitare la promessa flotta navale, Francesco Imperadore. Costui nel partire confidò la cagione, per cui andava, a Pietro Augello siciliano suo amico, e questi la partecipò a Matteo Graffeo cavaliere palermitano, i quali, o perchè si credessero rei di fellonia se tacevano, o perchè speravano un premio se propalavano il secreto, come scrisse il Fazello (731), ne diedero conto al duca di Sessa ambasciadore presso il pontefice Adriano VI. Questo abile ministro, volendo prevenirne le conseguenze, spedì con diligenza gente armata per assicurarsi di Francesco Imperatore, che fu raggiunto a Castelnuovo, e ricondotto in Roma. Confessò costui all’ambasciadore il suo delitto, e svelò tutta la trama. Fu perciò mandato dal duca di Sessa a Napoli ben custodito, acciò fosse sicuramente trasportato in Sicilia agli ordini del vicerè conte di Monteleone, che fu appieno avvertito della congiura, e dei nomi di coloro, che vi aveano parte.
      Era il Pignatelli a Messina dopo il parlamento, quando fu avvisato di questa nera trama. Fe perciò tosto imprigionare Niccolò Vincenzo Leofante, e fattolo mettere alla tortura con Francesco Imperatore, ne seppe per minuto tutta l’orditura, e i nomi dei complici, dei quali subito si assicurò, trattine due, che erano scappati (732), e a forza di tormenti si cavò dalla loro bocca la confessione della propria reità. Il vicerè adunque, compilatosi il processo, ordinò il dì 16 di giugno 1523, che nella pubblica piazza del Duomo di Messina si ergesse un tribunale, dove furono condotti alla presenza dei giudici i nove congiurati, che erano stati imprigionati, i quali furono dai medesimi condannati a varie pene; ma non fu per allora eseguita la sentenza, che per soli sei (733), agli altri tre si differì il castigo, fino che fosse arrivato da Napoli il conte di Cammarata, acciò colla loro testimonianza convincessero questo illustre magnate di fellonìa (734).