Per ripigliare il discorso del vicerè Gonzaga, che in questo istesso anno si restituì in Sicilia, è da sapersi che l’augusto Carlo s’avvalse del di lui valore per far fronte alle armi francesi, e lo spedì per suo luogotenente con un poderoso esercito nei Paesi Bassi, dove diede replicate prove della sua scienza militare, avendo respinto più volte il duca di Cleves, che a nome di Francesco I. era entrato ostilmente nel Brabante, e conservati gli stati Austriaci della bassa Germania al suo monarca. Passando di poi l’augusto Carlo unito al re d’Inghilterra a far la guerra nel cuore della Francia, il Gonzaga andò ancor egli a militarvi, ed essendosi cercata la pace frai due accaniti principi stracchi oramai di più guerreggiare, egli fu uno degli eletti plenipotenziarî per stabilirne i preliminari. Pacificatisi questi due sovrani col trattato de’ 17 di settembre 1544 potea il Gonzaga, e dovea ritornare al governo di Sicilia; ma sopravenutagli, dopo le fatiche della guerra, una grandissima, e pericolosa infermità in Mantova, dovette fermarvisi molto tempo, fino che si fosse interamente guarito. Rimesso in salute partì colla moglie, e i suoi figliuoli, e venne a Genova, dove imbarcatosi sulla flotta di quella repubblica veleggiò per il nostro regno, ed arrivò in Palermo al primo di novembre 1545 (856), conducendo seco Pietro Cordova sacerdote spagnuolo, che l’augusto Carlo spediva come sindicatore de’ magistrati, contro i quali erano arrivati all’imperiale trono frequenti ricorsi (857). Recò egli seco il dispaccio imperiale colla firma dell’augusto Carlo in Brusselles a’ 9 di ottobre IV indizione 1545, per cui segli prorogava per altri tre anni la carica di vicerè di Sicilia, e dopo alcuni giorni, ch’era arrivato in Palermo, cioè agli 11 di novembre, ebbe egli la cura di farlo registrare (858).