Il dispaccio reale, con cui approvava il concilio Tridentino, e ne ordinava la esecuzione, fu sottoscritto dal re Filippo in Madrid a’ 17 di luglio del medesimo anno 1564, e sebbene fosse stato spedito al vicerè, affine di farlo promulgare in Sicilia, questi ciò non ostante stimò suo dovere il farne esaminare gli atti dai regî ministri, acciò osservassero se vi fosse in essi cosa, che pregiudicasse le regalìe. I giureconsulti destinati a questa indagine iscuoprirono, che alcuni dei decreti del concilio ferivano direttamente, o indirettamente la regia giurisdizione (966). Perciò il vicerè, prima di eseguire il reale comando, volle informare la M.S. la quale con lettera de’ 24 ottobre (967) da Madrid rispose, che restava soddisfatto delle difficoltà proposte da’ ministri; ma che nondimeno volea che si promulgasse il suo dispaccio; beninteso però, che accadendo verun caso, in cui erano lesi i diritti della sua monarchia, allora questi tali decreti lesivi non si eseguissero. Avuta questa risposta, il vicerè ai 18 di dicembre dello stesso anno promulgò l’ordine reale (968) dei 17 di luglio (969).
      Sebbene il triennio accordato al duca di Medinaceli nel governo di Sicilia dovesse durare fino all’anno 1566, pur non dimeno il re Filippo II, non avendo riguardo a quanto avea disposto, elesse prima di spirare questo termine Garzìa de Toledo per vicerè di Sicilia; il che, se sia riuscito grave al Cerda, può ognuno immaginarselo. Non ebbe egli animo di trovarsi presente all’arrivo del suo successore, che gli rapiva il non ancora spirato governo; e perciò volendo assolutamente partire, col voto del sacro consiglio elesse a’ 22 di febbraro 1565 Bartolomeo Sebastiano vescovo di Patti per presidente del regno fino all’arrivo del nuovo [212] vicerè, e ne sottoscrisse il dispaccio alla torre del Faro, prima d’imbarcarsi (970).