Venuto il giorno dopo a prendere il comando di Salò il generale Avezzana, questo con insistenza pregava Elia di accettare il comando della flottiglia, e sebbene a malincuore, perchè gli doleva lo stato di quasi inazione a cui era condannato, pur nondimeno dovette ubbidire, perchè alle istanze del generale Avezzana vi si aggiunse il comando(116) del generale Garibaldi, che, venuto a bordo della cannoniera Torrione gli faceva elogio per la salvata flottiglia e gli ordinava di prenderne il comando. L'Elia non poteva rifiutarsi e chiese ed ottenne per suo Capo di Stato maggiore il capitano, amico suo carissimo, Alberto Mario.
      Ebbe poi delle segrete ed importanti missioni di fiducia d'ordine del generale Garibaldi e da lui personalmente. La prima affidatagli fu quella di recarsi in incognito ad esplorare se erano vere alcune mosse del nemico riferite al Capo di Stato Maggiore, e nel tempo stesso di vedere se era fattibile impossessarsi di un vapore che gli Austriaci avevano in costruzione a Desenzano, ciò che fu impossibile perchè il vapore non era ancora interamente allestito: ecco la lettera con la quale gli dava l'incarico.
     
      Caro Colonnello,
     
      Ecco le due guide di tutta confidenza. Ho già detto loro qualche cosa. Quando crederete voi direte il resto. La vettura sarà alla vostra porta tra pochi minuti. Buon viaggio e felice ritorno con più buone notizie. Il sotto Capo di Stato Maggiore. E. Guastalla
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      Altre missioni di Garibaldi al Ministero con lettere e con istruzioni riservate l'Elia condusse a termine con soddisfazione del generale.