L'accusa de' teologi si ripete dai fisici in altri termini: Bacone accusa i metafisici di cercare l'eleganza, non la verità, di costruire il mondo colle categorie, d'appagarsi di parole, di trascorrere in vane ipotesi, d'essere venduti, corrotti, prostituiti alla potenza, alla ricchezza, all'autorità; e poteva dire più schiettamente, d'essere schiavi volontari della religione, nemici ostinati della scienza, superbi disprezzatori del popolo. Solo bisognava riconoscere la causa prima di questo continuo errore attraverso le categorie, le ipotesi, il servilismo, le querele interminabili e inutili alla società; la qual causa sfugge ai fisici quanto ai teologi. Ciò perchè i fisici conquistano il fatto materiale senza poterlo difendere, senza conservarlo; conquistano la natura, e dimenticano il pensiero; non sanno estendere la rivelazione ai congegni della mente umana; non l'estendono alle origini delle religioni, dei governi, delle leggi; non abbracciano la società; sono operai, non architetti; materia, non principio del sistema sociale. Quindi respingono fieramente la metafisica, che disprezza la brutalità dei loro fatti, non sanno sostituirsi alla metafisica per combattere le religioni, rimangono uomini di scienza, non divengono uomini della scienza.
      Posto che la metafisica sia l'intermediario eternamente inutile tra la religione e la scienza, convien riconoscere qual sia stata la sua missione nel mondo. Tratta dalla fatalità delle astrazioni, ebbe per missione di scoprire le antinomie delle cose e del pensiero, e nel tempo stesso di svelare a poco a poco le diverse regioni della rivelazione naturale.