Nel dì 20 di giugno 1796 Bonaparte fece ancora il suo ingresso in Bologna, seconda città degli Stati Romani. Il povero esercito del Papa fu sbaragliato sul Senio; fu organizzata la Repubblica Cisalpina in Lombardia, alla sinistra del Po, e la Repubblica Cispadana alla destra del Po; ma questa in breve si fuse colla Cisalpina. Presidente nominale della repubblica Cisalpina era Melzi; ma il presidente effettivo, e quasi padrone, era il general Bonaparte. Mercè la sua grande sagacità personale, e pei suggerimenti della Framassoneria, egli seppe tosto distinguere ed inalzare, gli uomini più capaci; come il duca Melzi di Milano, presidente della Repubblica Cisalpina; l'avvocato Aldini ed il conte Marescalchi, ambedue di Bologna, che poi furono suoi ministri nella Repubblica Italiana, e nel Regno d'Italia.
      La tenace Austria mandò successivamente quattro eserciti contro Bonaparte. Battuto il primo, comandato da Beaulieu, mandò il secondo, comandato da Wurmser; battuto quello di Wurmser, mandò il terzo esercito sotto il comando di Alvinzi; distrutto anche questo, mandò il quarto comandato dall'arciduca Carlo; ma sempre con esito a lei infausto. Il Beaulieu, comandante del primo esercito, era nativo del Brabante, provincia dove si parla il francese, ma allora soggetta all'Austria, insieme col resto del Belgio; Wurmser, benchè nativo dell'Alsazia, allora unita alla Francia, era personalmente passato ai servigi dell'Austria. Alvinzi era di Transilvania; l'arciduca Carlo era fratello dell'imperatore Francesco, ma, ciò non ostante, di opinioni liberali.