Quivi compose una quantità considerabile di Musica ecclesiastica, in cui vie più manifestò i suoi talenti. I suoi pezzi di Musica da morto racchiudono molte particolarità: essi sono veramente caratteristici, e la parola viene espressa nel suo vero significato. Sono in oggi abbastanza conosciute le sue tre messe da Requiem con tutte le lezioni, e sei Miserere.
      In conferma di quanto io dico di questo virtuoso filarmonico riporterò qui uno squarcio del Corriere Milanese in data dei 5 settembre 1805: „Non è più tempo di tener celato il merito di un nostro concittadino, che veramente fa onore alla patria. È questi il sig. Giuseppe Vallaperta maestro di cappella, che già da tre anni si è ripatriato. Quest'ottimo soggetto in diverse musiche, che ha fatto eseguire in varie chiese di questa dominante, ha riscosso mai sempre un generale applauso. L'ultima recentemente composta, e fatta eseguire li I e 2 corrente nella basilica di s. Lorenzo, ha dato anche una più vantaggiosa idea de' suoi talenti; mentre fu agevole lo scorgere in ogni pezzo uno squisito giudizio, una cognizione perfetta degli strumenti obbligati che faceva agire, ed un gusto dilicato ed armonioso, senza tuttavia discostarsi da quella certa gravità che esige la maestà del santuario; per lo che meritamente riscosse l'ammirazione di tutti i divoti, ch'erano accorsi alla sagra funzione. Sovrattutto però venne specialmente applaudito il Miserere per essere affatto caratteristico, analogo al senso delle parole ed all'indole della cerimonia funerea, ed in fine per essere stato eccellentemente eseguito da tutti i professori tanto di canto quanto di suono„.