Le sue ricerche dal 1813 al 1815 lo condussero all'analisi di un gran numero di sostanze organiche (acidi) che formano dei composti anche in proporzioni multiple cogli acidi metallici. A lui così venne l'idea di confrontare le materie inorganiche colle organiche, di considerarle sotto un punto di vista generale, comune, e di considerare le prime come derivanti da radicali semplici e le seconde da radicali composti. Ecco quanto egli scriveva nel 1817 nel suo Traité de Chimie, 1a ediz.: "Noi troviamo che la differenza tra i corpi organici e gli inorganici consiste in ciò che nella natura inorganica tutti i corpi ossigenati hanno un radicale semplice, mentre tutte le sostanze organiche sono formate da ossidi di radicali composti. Nelle materie vegetali il radicale si compone generalmente di carbonio e idrogeno e nelle sostanze animali di carbonio, idrogeno e azoto. Così il dire acido a radicale composto significa acido di origine organica".
      Il Berzelius ammetteva la forza vitale, cioè egli credeva che a differenza dei corpi inorganici non si poteva ottenere artificialmente partendo dagli elementi. E nel 1827, nella 2a ediz. del suo Traité, scriveva: "Gli elementi che si trovano negli esseri viventi ubbidiscono a delle leggi affatto diverse da quelle che reggono la natura inorganica".
      Egli così ritorna al suo concetto fondamentale del dualismo elettrochimico: gli atomi di tutti i corpi, egli dice, hanno due poli nei quali si accumulano delle quantità di elettricità quasi sempre diverse e a seconda che predomina l'una o l'altra si hanno i corpi elettronegativi od elettropositivi, e secondo la natura dei corpi semplici le loro ultime particelle sono polverizzate a gradi diversi; queste particelle nei composti si uniscono pei loro poli contrari e le affinità che esercitano hanno la loro sorgente nelle attrazioni elettriche (Wurtz).