Soccorsa Siena, le medesime genti si voltorno verso Perugia; pigliando i fiorentini occasione a quel che prontamente desideravano dall'esserne stati ricercati dal collegio de' cardinali, sotto nome del quale si governava, per l'assenza del pontefice, lo stato della Chiesa: però procedeva nell'esercito personalmente il cardinale di Cortona, legato, insino a tempo di Lione, della città di Perugia. Ma nel collegio non era, dopo la creazione del pontefice, maggiore unione o stabilità che fusse stata nel conclave, anzi erano le variazioni piú apparenti, perché avevano statuito che ciascuno mese si governassino le cose per tre cardinali sotto nome di priori: l'ufficio de' quali era congregare gli altri e dare espedizione alle cose determinate. Tre adunque di questi, entrati nuovamente e oppositi al cardinale de' Medici, il quale eletto il pontefice era subito ritornato a Firenze, cominciorono a esclamare e protestare che le genti de' fiorentini non molestassino le terre della Chiesa: le quali, avendo già saccheggiato la terra di Passignano che aveva ricusato alloggiarle, e di poi alloggiate all'Olmo vicino a tre miglia di Perugia, con speranza quasi certa di ottenere, arebbono disprezzati questi comandamenti se non avessino presto conosciuta la vanità di queste speranze; perché i Baglioni avevano chiamati molti soldati in Perugia, ed era molto maggiore col popolo l'autorità loro che quella di Gentile che seguitava l'esercito. Però, disperando della vittoria e avendo tentata invano la composizione, si partirno del perugino sotto colore di non volere opporsi alla volontà del collegio, ed entrorno nel Montefeltro, che tutto, eccetto San Leo e la rocca di Maiuolo, era ritornato alla obbedienza del duca di Urbino; il quale avendo facilmente ricuperato, si posorono l'armi, come per tacita convenzione, da quella parte, perché il duca non era potente a continuare la guerra co' fiorentini né essi aveano cagione, né per comodo proprio né per sodisfare ad altri, di molestarlo: perché il collegio, nel quale potevano piú gli avversari del cardinale de' Medici, avea nel tempo medesimo convenuto con lui, per insino a tanto venisse in Italia il pontefice e piú oltre a suo beneplacito, ritenesse lo stato ricuperato, non molestasse né i fiorentini né i sanesi, né andasse agli stipendi né altrimenti in aiuto di principe alcuno.