Del resto, il delirio alla prima occasione grave si manifestò chiaramente. Tornato dall'ultimo viaggio, i mali trattamenti del Bobadilla e le disgrazie enormi della traversata e della dimora alla Giamaica, dove si trovò su due magre caravelle quasi abbandonato ed in pericolo di morire di fame, acutizzarono la paranoia persecutiva e insieme anche religiosa. E l'acutizzarsi del delirio provocò una allucinazione in cui, come nei sogni dei paranoici, alle immagini di dolore presente ed urgente subentrano altre, rosee e lusinghiere. Egli racconta che mentre tanto soffriva, quando stava ancorato presso al fiume Betlen, sulla costa di Veragua, ebbe una visione che lo mise in comunicazione con Dio e lo sollevò all'altezza di Mosè e di Davide, i prediletti servi del Signore d'Israele.
      Una voce divina gli gridò: "O stolto e tardo a credere e a servire il tuo Dio, Dio di tutti, che cosa fece egli di più per Mosè o per Davide, suo servo? dacchè nascesti, sempre egli ebbe gran cura di te. Quando egli ti vide giunto all'età che gli apparve conveniente, meravigliosamente fece risuonare il tuo nome pel mondo. Non temere, tutte queste tribolazioni rimangono scritte sul marmo e non senza causa". Questa voce non poteva, a suo credere, esser che quella di Dio: quantunque egli non osi confessarlo troppo chiaramente: e misteriosamente scrivesse: "Così finì egli di parlare chiunque, poi si fosse".
      Meglio ciò si vede nelle lettere a donna Giovanna della Torre, quando sbarcò a Cadice incatenato: Del nuovo cielo e terra che prefetizzarono Isaia prima e poi S. Giovanni nell'Apocalisse, nostro Signore mi fece messaggero additandomi la loro postura".