Come avviene in tutti gl'infelici affetti da delirio, il Comte estende i suoi timori da un individuo a una categoria di individui; così la polemica con un matematico diventa lotta contro tutta una scuola, il dissenso con Bazar, guerra dei rivoluzionari utopisti, congiura per rubargli le idee. A ciò si aggiungono allucinazioni periodiche, qualche catalessi, di cui il Comte medesimo ci fa cenno, e assalti intermittenti di gravi crisi nervose. Egli stesso scrive: "Tutti i passi decisivi dei miei lavori filosofici hanno dato luogo ad una crisi patologica: il mio nuovo lavoro non fa eccezione". Anche prima della crisi del 1826, dettando il suo "Corso di filosofia positiva", si abbandona, come racconta a Clottide, ad accessi di pianti, di commozioni, stranissimi, se si pensi alla rigida secchezza di quel lavoro.
      Le sue crisi sopravvenivano generalmente in primavera e in estate (aprile 1826, primavera 1838, giugno 1842, giugno 1845). Quella del 1845 coincide con la concezione del suo sistema politico.
      Ed il Renda, coll'analisi minuta dell'opera politica del Comte, dimostra il nesso tra essa e i caratteri psicologici del suo autore.
      Ora il Sistema di filosofia positiva, diceva egli, non è affatto una derivazione logica del Corso di filosofia positiva: la genesi delle costruzioni politiche del Comte è così aliena dagli ordinari progressi logici del suo sistema filosofico, che egli medesimo confessa di aver sostituito l'analisi soggettiva alla ricerca obbiettiva, e, quel che è più, in una lettera a Clotilde nota che il carattere del suo lavoro è l'effetto delle riflessioni fatte nei tre mesi della sua crisi nervosa ed erotica; ed al Mill scrive: Voi vedete quale è stata naturalmente la tendenza continua delle mie meditazioni involontarie; tendenza che non è divenuta ora in me sistematica veramente che dopo di essere stata puramente spontanea tutto il tempo conveniente per assicurarne la realtà e la consistenza". Nella prefazione al primo volume egli conclude: "Tal fu dunque il risultato generale di questa crisi decisiva, subito seguìta da una profonda tempesta cerebrale".