Procedeva amico a quel piccolo partito che era in odio ai Whig ed ai Tory, dicendo di non potere indursi a maledire i Barcamenanti, qualvolta rammentava Colui che aveva benedetti i facitori della pace(347).
      In un Commentario al Testamento Nuovo, aveva alquanto amaramente lamentata la persecuzione che i Dissenzienti pativano. Che gli uomini i quali per non usare il Libro delle Preghiere, erano stati cacciati dalle loro case, privati degli averi e sepolti nelle carceri, osassero mormorarne, tenevasi allora per grave delitto contro lo Stato e la Chiesa. Ruggiero Lestrange, campione del Governo e oracolo del Clero, levò il grido di guerra nell'Osservatore. Fu intentato un processo. Baxter chiese gli si concedesse qualche tempo ad apparecchiare la propria difesa. Nel giorno stesso in cui Oates era posto alla berlina in Palace Yard, lo illustre capo de' Puritani, oppresso dagli anni e dalle infermità, andò a Westminster Hall per fare tale richiesta. Jeffreys con gran tempesta di rabbia gridò: "Nè anche un minuto per salvare la sua vita. Io so bene condurmi coi santi egualmente che coi peccatori. In un lato della berlina adesso sta Oates; e se Baxter fosse nell'altro, i due più grandi ribaldi del Regno starebbero insieme."
      Quando si aperse il processo in Guildhall, una folla di coloro che amavano e riverivano Baxter, riempiva la corte. Stava accanto all'accusato il Dottore Guglielmo Bates, uno de' più cospicui fra i teologi Non-Conformisti. Pollexfen e Wallop, rinomatissimi avvocati Whig, lo difendevano.