Nella sua mente quindi la idea della ribellione richiamava quella di degradazione e servaggio, e la idea di autorità monarchica, quella di libertà e predominio. Non gli era mai venuto in capo che potesse giungere il tempo in cui un Re, uno Stuardo, perseguiterebbe i più leali del clero e de' gentiluomini con animosità maggiore di quella Coda del Parlamento e del protettore. Eppure siffatto tempo era giunto. Adesso era da vedersi con che modo la pazienza che gli aderenti della Chiesa confessavano d'avere imparata negli scritti di San Paolo resisterebbe alla prova d'una persecuzione da non paragonarsi alla severissima di Nerone. Lo evento fu tale che ciascuno, il quale per poco conoscesse la natura umana, avrebbe di leggieri predetto. L'oppressione fece sollecitamente ciò che la filosofia e la eloquenza non avevano potuto fare. Il sistema di Filmer avrebbe potuto sopravvivere agli assalti di Locke: ma non si riebbe mai dal colpo mortale datogli da Giacomo.
      Quella logica, la quale, mentre veniva adoperata a provare che i Presbiteriani e gl'Indipendenti avrebbero dovuto sopportare mansuetamente la prigione e la confisca, era stata giudicata tale da non ammettere risposta, parve di pochissimo peso allorquando fu questione di sapere se i Vescovi Anglicani dovevano essere imprigionati, e le rendite de' Collegi Anglicani confiscate. Era stato soventi volte ripetuto da' pergami di tutte le cattedrali del paese, che il precetto apostolico di obbedire ai magistrati civili fosse assoluto ed universale, e che fosse empia presunzione nell'uomo il volere limitare un precetto al quale non aveva posto limite alcuno la parola di Dio.