Ma questi, essendo stato prevenuto del disegno, s'era posto in salvo; tutte, però le sue carte, e i suoi libri caddero in mano dell'Inquisizione; ciò che mise nell'imbarazzo molti de' suoi concittadini e specialmente quelli, ch'erano stati con lui nella più stretta amicizia. Fillippo, dopo essere rimasto per qualche tempo nascosto, ebbe influenza bastante per farsi eleggere podestà, [238] o primo magistrato a Trento, il che lo protesse dagli attacchi de' suoi nemici (360). Tornato in calma il suo paese nativo, arrischiò dopo pochi anni di ricomparirvi; ma nel 1556 si levò una nuova tempesta. Gl'inquisitori ricominciarono a fiutare per ogni luogo in cerca d'eretici, e molti furono posti io prigione, Lodovico Castelvetro, Fillippo Valentino, suo cugino Bonifazio, prevosto della cattedrale di Modena, e Antonio Gadaldino, stampatore, furono citati, come le persone di più grande importanza, a comparire al tribunale dell'inquisizione di Roma. I due ultimi furono presi e condotti sotto scorta alla capitale, dove furono gettati nelle carceri di quel tribunale; Gadaldino fu convinto di aver venduto libri eretici, e rimase in prigione. Bonifazio Valentino avendo confessato i suoi errori, fece una pubblica, e solenne ritrattazione nella chiesa della Minerva a Roma, il di 6 maggio 1558 e mandato a Modena, fece la stessa confessione il di 29 del mese, nella sua propria cattedrale. Castelvetro e Fillippo Valentino, vedendo il pericolo a cui erano esposti, provvidero colla fuga alla loro salvezza, per cui fu fulminata in Roma contro di loro la sentenza di scomunica in contumacia.