Soddisfate tutta la vostra ira sopra di me; bruciatemi per la causa di Cristo, ve ne prego, ora che ho avuto il bene di prestare gli ultimi conforti al misero Spira, e di pubblicare ciò che era volontà di Dio, che fosse pubblicato" (392). Alla fine dell'anno 1548 mandò ad effetto la sua intenzione, ritirandosi nei Grigioni, a sorpresa egualmente di quei che lasciava, e di quei che raggiungeva.(393)
      All'inquisitor Grisone successe Tommaso de Santo Stella, che dopo aver disgustato la popolazione col suo modo di procedere vessatorio, si studiò di persuadere il senato di Venezia a mettere delle guarnigioni nelle principali città, sotto pretesto che Vergerio meditasse una invasione in Istria (394). Questa istigazione indusse Vergerio, quando ne fu informato, a pubblicare sulla propria condotta un'apologia, che diresse al doge, [258] ed al senato, nella quale, oltre che si lagna delle violenti misure insidiose usate dai ministri della persecuzione in Italia (395), riporta molti fatti riguardane la loro condotta negli stati Veneziani. "Nulla (dice egli) può esservi ormai di più vituperevole di quello che ha fatto questo papa, che mentre ha onorato, e rimunerato molti vescovi, e arcivescovi del vostro paese inutili, ed atei, ha confinato in una prigione il vescovo di Bergamo, della famiglia Soranzo (396), vostro concittadino, non per altro motivo che perchè insisteva sulla residenza, e mostrava interesse, e inclinazione per la dottrina evangelica, e odio alla superstizione. Quale sarà, se non è questo, esercitar su di voi l'oppressione, e la tirannia?