Quando fu fatto papa Pio V, Carnesecchi si ritirò a Firenze, e si mise sotto la protezione di Cosimo, gran duca di Toscana, temendo con ragione la vendetta del nuovo pontefice. Dalle carte che gli furono trovate si rileva, che aveva intenzione di ritirarsi a Ginevra; ma sulla confidenza, che riponeva nel suo protettore, protrasse l'esecuzione del suo progetto, finchè poi [fu] troppo tardi. Il papa spedì a Firenze il maestro del sacro palazzo con una lettera lusinghiera a Cosimo, e con istruzioni di pregarlo di consegnare Carnesecchi, come eretico pericoloso, che aveva da lungo tempo travagliato in varie maniere per distruggere la fede cattolica, ed era stato lo strumento, a corrompere le menti delle intere popolazioni. Quando il maestro del sacro palazzo giunse, e consegnò la lettera, Carnesecchi sedeva a tavola col gran duca, che per insinuarsi nella grazia del papa ordinò, che il suo ospite fosse immantinente arrestato, e tradotto a Roma; e il papa rese infinite grazie al gran duca per questa violazione delle leggi d'ospitalità, e di amicizia (474). Contro il nuovo prigioniero si compilò senza [327] ritardo il processo avanti la corte dell'Inquisizione sopra un'accusa di trentaquattro articoli, che contenevano tutte le particolari dottrine sostenute dai protestanti in opposizione alla Chiesa di Roma(475). Questi articoli furono provati con testimonianze, e lettere dell'accusato, che, dopo essersi per qualche tempo difeso, ammise la verità dell'accusa, e confessò gli articoli in generale.