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      Incoraggita l'Inquisizione da questo attentato continuò viepiù i suoi rigori sotto il Regno di D. Alfonso VI. successore di D. Giovanni IV. e nel principio del Regno di quest'ultimo, gl'intrighi dei Domenicani e altri Ministri del S. Ufizio tali furono, che la predetta Regina terminato il tempo di sua reggenza fu costretta ritirarsi in un chiostro, ove non molto dopo morì. In sequela di ciò l'istesso Alfonso venne accusato di sregolata vita e di poca credenza in materia di fede, e la cosa andò tanto innanzi, che quel Monarca venne con inaudita catastrofe balzato dal Trono, dichiarato incapace di governare, e chiuso nel Castello di Cintra nell'Isole Terzere, ove morì nel dì 12. Dicembre 1683. La di lui Sposa Isabella di Savoia Nemours lo accusò d'impotenza, fece divorzio con lui, e dipoi fatto dichiarar nullo il suo matrimonio con l'infelice Principe, si sposò a D. Pietro suo minor fratello, che prese prima il titolo di Reggente, poi quello di Re. Siccome era pervenuto a questo grado con l'ajuto de' Frati, così la loro potenza nel tempo del suo governo divenne eccessiva, e quasi affatto indipendente dalla Sovranità. In fatti in occasione di un furto sacrilego accaduto nel 1672. in una delle principali Chiese di Lisbona, a cui fu portata via la Pisside con le Particole consacrate, e altri vasi sacri, il Tribunal Criminale avendo fatte fare più e diverse perquisizioni per scuoprire i rei, l'Inquisizione credè cosa mal fatta, che giudici secolari prendessero cognizione di questo affare, che pretese meramente di sua pertinenza.