Cosimo III. suo figliolo privo di quel genio che anima i Principi a meritarsi la vera gloria, adottate ciecamente tutte le massime Spagnuole, e affettando in tutti i suoi passi la santità, e la venerazione al Vaticano, dette all'Inquisizione un braccio più esteso di tutti i suoi antecessori. I Frati sotto il suo governo esercitarono un'illimitata autorità penetrando fino negli affari domestici de' particolari, oltraggiandosi in tal guisa la libertà civile de popoli. Oltre la severità del Sant'Ufizio in materia di Fede, vi fu aggiunta un'Inquisizione sopra i costumi. Un Religioso Domenicano nativo di Volterra scorreva ogni anno con magnifico equipaggio, e plenipotenza per varie provincie del Granducato ad oggetto d'informarsi dell'osservanza della Religione, dei costumi de sudditi, e della quiete e tranquillità di ciascheduna Città subalterna, Terra, o Castello, proponendo al suo ritorno al Sovrano quelle riforme, che giudicava opportuno eseguirsi, e perseguitando tutti quelli che mostravano retinenza di sottoporsi al suo arbitrio. L'immunità Ecclesiastica era tenuta in maggior vigore che nell'istesso Stato Pontificio. Ma tutti questi atti di ossequio o per meglio di feudal soggezione, non liberarono Cosimo III. dalle vessazioni, e dalle contese con l'Inquisizione. In Siena essendo stati arrestati nel 1689. con armi proibite alcuni familiari del S. Ufizio, l'Inquisitore sdegnato fece affiggere pubblicamente i munitori contro i Ministri del Principe, e dimandò altamente la loro scarcerazione.