Trovandosi nella Puglia già da un anno, senza aver fatto cose, per quanto si sappia, di molta importanza, Federico fu sorpreso a Florentino, borgata di Capitanata, da una dissenteria che lo condusse al sepolcro il 13 dicembre del 1250, nel cinquantesimo sesto anno dell'età sua, essendo stato trentun anni imperatore, trentotto re de' Romani, cinquantadue re delle due Sicilie.
      Nel corso di questa Storia abbiamo dovuto formarci un'idea del carattere di questo principe; ma siccome verun sovrano fu attaccato con maggiore accanimento, nè difeso così caldamente, riesce quasi impossibile lo spogliare le sue azioni dalle imputazioni della calunnia, o dal favore de' suoi zelanti partigiani. Non saprei meglio chiudere ciò che ho fin qui detto intorno a questo principe, che trascrivendo ciò che ne dissero due storici della susseguente generazione, uno de' quali Giovanni Villani, fiorentino, fu uno zelante Guelfo, l'altro Nicolò di Jamsilla, napoletano, uno de' più caldi Ghibellini.
      «Federico, dice Villani, fu un uomo di gran valore e di grande affare, savio di scrittura e di senno naturale, universale in tutte le cose, seppe la lingua latina, e la nostra volgare, e tedesco, francesco, greco e saracinesco: e di tutte virtù copioso, largo e cortese in donare, e savio in arme; e fu molto temuto. Fu dissoluto in lussuria in più guise, e tenea molte concubine e mameluchi a guisa de' Saraceni, ed in tutti i delitti corporali si volle abbandonare, e quasi vita epicurea tenne, non facendo conto che mai altra vita fosse; e questa fu principale cagione, perchè egli venne nemico di santa Chiesa e dei chierici ec.