(1572) Essendo morto dopo la metà del 1571 il governatore duca d'Albuquerque, gli successe, nell'aprile dell'anno seguente, don Luigi di Requesens, commendator maggiore di Castiglia, uomo destro e stimabile1020, ma zelatore non meno fervido, e perseverante della giurisdizione regia, di quello che il cardinal Borromeo il fosse della ecclesiastica1021. Perciò le controversie giurisdizionali si riprodussero ancora più vive; e desse continuarono, benché meno clamorose, anche sotto il moderato governo del marchese di Ayamonte, che succedette al commendatore de Requesens, e resse queste province per otto anni. (1575) Il senato mandò espressamente a Roma, nel 1575, il senatore Politone Mezzabarba, uomo di gran merito, per far valere le sue ragioni1022. All'opposto le parti del Borromeo erano vivamente protette a Madrid da monsignore Ormaneto, già suo residente in Roma, cui era riuscito di far nominare internunzio apostolico a quella corte. Nel 1581 vi spedì inoltre l'altro suo familiare Carlo Bescapè, prevosto generale de' Barnabiti, e che fu poi il migliore storico della sua vita. Narrasi da questi di aver avuto replicati congressi col domenicano Diego Clavesio, confessore del re, e da lui delegato ad ascoltarlo; e possono leggersi presso di esso i modi moderati e conciliatori coi quali fu licenziato1023.
      A calmare maggiormente queste scandalose contese, rivolgendo la comune attenzione ad un oggetto infinitamente più grave e funestissimo, sopragiunse la pestilenza. (1576-1577) Questa fu promossa da una delle non insolite sue cause, lo straordinario concorso di gente a Roma per il Giubileo dell'anno avanti.