Fondò pure le cappuccine di Santa Prassede e di Santa Barbara, e con assai maggiore utilità la Congregazione della dottrina cristiana. Costante nella sua massima di preferire i nuovi istituti religiosi, introdusse in Milano i Teatini; distinse, arricchì e favorì i Barnabiti, de' quali approvò le costituzioni; instituì in San Sepolcro la congregazione de' sacerdoti obblati, legati con ispecial voto di obbedienza all'arcivescovo e a' suoi successori, a di cui beneficio nell'anno della sua morte pose la prima pietra della vasta ed elegante chiesa di Rhò, tuttora esistente, architettura del Pellegrini. Ma più di tutti ebbero il suo favore i Gesuiti. Erano appena trascorsi tre anni dacché avea fatto erigere per essi il collegio e l'elegante chiesa di San Fedele, e la città li vide da lui trasferiti nella più bella prepositura degli Umiliati, in Brera, dotati di molti beni, e tra gli altri di quelli dell'abbazia gentilizia di Arona, per rinunzia del commendatario cardinal Chiesa, non che dell'altra abbazia de' SS. Gratiniano e Felino di Arona stessa, che destinò in casa di Noviziato1028. Ingrati! che gli resero in seguito amaro il beneficio; sì che gli scriveva monsignor Speciano da Roma nel 1579, ch'essi erano in quella città i suoi più sfrenati detrattori1029. (1585) Consunto da un ascetismo smoderato in un gracile temperamento, il cardinale arcivescovo Carlo Borromeo mancò di vita il 3 novembre dell'anno 1584, dopo una breve malattia, avendo oltrepassato di pochi giorni gli anni quarantasei.