Vero è che, avanzando in età, mostrossi più severo; obbligò quest'ultimo a ritrattarsi, pose all'Indice le opere di Telesio.
      Nella bolla 25 luglio 1596 metteva: «Abbiam saputo con immenso rammarico che molti fedeli, uscendo da varie parti d'Italia lor patrie, dove la vera e santa cattolica apostolica religione è in vigore e pubblicamente predicata, vanno in lontani luoghi, dove non solo serpeggia impunemente l'eresia, ma è interdetto il pubblico esercizio della religione cattolica, talchè colà anche le persone fedeli restano prive della messa e dei sacramenti. Desiderando quanto possiamo ovviare a questi ed altri mali, ordiniamo che nessun italiano, mercante o di qualsiasi condizione, sotto nessun titolo o pretesto abiti o si stanzii in luogo dove non v'abbia chiesa con parroco o sacerdote cattolico, e dove liberamente e senza pericolo possano pubblicamente celebrarsi la messa e i divini uffizj: essi italiani si astengano da nozze con donne eretiche, da sepolture d'eretici, dal far levare al battesimo i loro figli da eretici, nè valersi di medici loro, per quanto possono. Quando poi rientrino in patria, si notifichino al vescovo e agli inquisitori, dai quali saranno ammoniti seriamente ad osservare anche le pratiche della Chiesa, e a sfuggire gli erranti; e attestino d'essersi almen una volta l'anno confessati e comunicati, se no vengano puniti dagli inquisitori».
      La bolla fu confermata da Gregorio XV, che ne promulgò un'altra contro gli eretici che dimoravano in Italia, e chi li favorisse.
      Nel pontificato di Clemente VIII restò famoso il processo di Giordano Bruno. Nelle teorie del pensiero si era rotta la venerazione scolastica, sia seguendo i Platonici teisti e i Neoplatonici panteisti, alcuni de' quali vantavano l'unità di Plotino, alcuni la trinità razionale, alcuni il risolversi delle cose in Dio: sia emancipandosi dall'autorità, e tentando coll'esperienza e coll'induzione piantare teoriche nuove, con quelle eccentricità, che taluni considerano come genio.