Arrivava a Ginevra quando vi moriva Francesco da Porto; ma coi discepoli del defunto Calvino e con Beza non aveva comune se non l'avversione a Roma: e risoluto a sciogliere colle proprie forze i problemi che tormentano l'umanità, non potè reggere all'intolleranza religiosa, che diveniva anche intolleranza filosofica a favore di Aristotele. A Tolosa, che titolavasi la Roma della Garonna, egli eccita rumore colle sue dottrine: ond'entra in Parigi nel 1579, e partecipa a quei Galliæ tumultus suscitato per motivi religiosi. Ad Enrico III profonde lodi servili; e così alla Sorbona, ove dà lezioni pubbliche e private, e in disputa solenne proclama un suo sistema di logica universale, somigliante all'Arte di Raimondo Lullo67.
      Migliori accoglienze ottiene in Inghilterra, dove stampa gran parte dell'opere sue. Vi regnava allora Elisabetta, e le prosperità politiche del costei regno distesero un velo sovra le persecuzioni di cui essa lo macchiò, ben più cupe e calcolate che quelle d'Enrico VIII, il quale, per abolire la diversità d'opinioni, avea moltiplicato i casi di Stato, accumulando le pene di tradimento a quelle d'eresia. L'aver il papa ricusato di riconoscer il divorzio di questo facea che Elisabetta venisse considerata come bastarda, donde un'ira personale contro del pontefice e de' Cattolici. È però falso che il papa ne irritasse gli sdegni, anzi Pio IV cercò ogni via di calmarla, e mandò Vincenzo Parpaglia, uom d'ingegno, favorevolmente conosciuto alla regina per esser dimorato in Inghilterra sotto il regno precedente; il quale dovea portar una lettera tutta affetto, promettendole non solo tutto quanto potesse contribuire alla salute dell'anima sua, ma pur quanto ella desiderasse per assodare la sua dignità regia, conforme al ministero affidatogli da Dio. «Se ritornate in sen della Chiesa, come desideriamo e speriamo, saremo pronti a ricevervi coll'amore e la gioja onde il padre del Vangelo accolse il reduce figliuolo: tanto più che voi ricondurreste tutto il popolo inglese».