Stette tranquillo due anni a Padova in mezzo ad illustri aristotelici, egli loro avversario; ito poi a Venezia, vi si tenne ignoto, finchè un suo confidente lo palesò a quel Governo, che lo colse il 23 maggio 1592, e pose nelle carceri. A nome del cardinale di Santa Severina, l'inquisitore venne a domandarlo «perchè imputato non solo di eretico, ma anco di eresiarca: compose varj libri dove loda la regina d'Inghilterra e altri principi eretici: scrisse varie cose concernenti la religione che non convenivano, benchè parlasse filosoficamente; è apostato, essendo uscito dai Domenicani; visse a lungo a Ginevra, e in Inghilterra; fu per la stessa imputazione inquisito a Napoli e altrove»80. Non si volle consegnarglielo, e fu tenuto in carcere sei anni, durante i quali non possiamo che immaginare quanto soffrisse. Due sono i processi ivi fattigli, e sebbene possa attribuirsi importanza colà dov'egli spiega le sue idee, troppo ci è noto come, in tali frangenti, uno le modifichi e temperi per difesa; nè gl'inquisitori veneti poteano esser arguti accademici, da seguire il filo dei suoi ragionamenti. Basti dunque soggiungere che il senato non potè, secondo il diritto internazionale d'allora, negarlo a nuove richieste, e lo consegnò all'Inquisizione romana.
      Viveva allora a Roma Gaspare Scioppio, famoso erudito tedesco, nato il 1576 a Neumark nel Palatinato; da Clemente VIII tratto a Roma, e attaccato al cardinal Madruzzi, dove abjurò il protestantismo, dicendosi convinto dalla lettura degli Annali del Baronio. Scrisse opuscoli sulle indulgenze, sul giubileo, sulla supremazia papale ecc., e controversie cogli abbandonati suoi correligionarj, sempre litigioso, talvolta paradossale; difese il Machiavello: accusò Leone Alazio di aver distratto i migliori libri della biblioteca di Heidelberg, acquistata dal papa: e fu creduto autore dei Monita secreta Jesuitarum.