Poi più francamente nei sessanta dialoghi De admirandis naturæ reginæ deæque mortalium arcanis, fondasi su due punti. Primo: l'intelligenza non può muover la materia, nè l'anima il corpo: anzi è la materia che dà impulso all'intelligenza, il corpo all'anima: in conseguenza, autor del mondo non è Dio. L'uomo deriva dalla putrefazione e dal successivo perfezionarsi della specie: anche in forza talora è esso sopravanzato dagli animali, onde (quest'è il secondo punto) non può dirsi a questi superiore in destinazione, e il meglio che può fare si è vivere e godere: «Perduto è il tempo che in amar non si spende»; nè la morale ha fondamento che nelle leggi. Così predica uno scetticismo immorale, un materialismo sfacciato: ipocrito senza dignità, le maggiori bestemmie finiva col dire, Ceterum sacrosanctæ romanæ Ecclesiæ me subjicio. Un interlocutore gli domanda che pensi dell'immortalità, ed egli risponde: «Ho fatto voto a Dio di non trattar questo punto finch'io non sia vecchio, ricco e tedesco». Un'altra volta l'interlocutore ammirandolo, esclama: «Se tu non fossi Vanini, saresti Dio», ed egli con aria altezzosa risponde: «Io sono Vanini». Violente critiche del cristianesimo pone in bocca al terzo o al quarto, fingendosi inorridito all'udirle; come si finge encomiatore de' Gesuiti, apologista del Concilio di Trento, e accannito contro Lutero, egli che pur al cristianesimo muove guerra or da filosofo, ora da fisico.
      Vuolsi ristampasse il libro dei Tre Impostori e delle sue idee civili basti questa: «Come tutti gli anni nelle foreste si riconoscono gli alberi morti e i verdi, si tagliano gl'inutili, si conservan solo quei che promettono, così bisognerebbe nelle grandi città riconoscer le vite inutili, i vecchi caduchi, i vagabondi e fanulloni, metter a morte ogn'anno qualche milione di persone, che son come gli sterpi e le ortiche a impedir il crescere degli altri». Questo libro chiamò subito l'attenzione, e Gramondo presidente al parlamento di Tolosa diceva: «Agli altri pare eretico, a me pare ateo». In fatti è a vicenda panteista e materialista.