I Cantoni restarono divisi in cattolici, riformati e misti. Cattolici si conservarono Uri, Svitto, Unterwald, Lucerna, Zug, Soletta, Friburgo; misti Appenzell, Glaris, Sangallo, Vaud, Argovia, Turgovia, oltre i Grigioni confederati; protestanti Berna, Zurigo, Basilea, Sciaffusa, Neufchatel. I sette cantoni cattolici mandarono al Concilio di Trento i loro deputati (20 marzo 1562) protestando la devozione filiale alla Santa Sede e il desiderio d'ajutarla come aveano fatto sotto Giulio II e Leone X: nella guerra contro i Protestanti e nell'uccisione di Zuinglio, del quale incenerirono e dispersero il cadavere, avere dato prova d'essere irreconciliabili coi Cantoni eretici; e posti ai confini d'Italia come antemurale, baderebbero che in questa l'errore non penetrasse.
      In Isvizzera risedeva un nunzio apostolico, tenuto di grand'importanza per l'opporsi che faceva all'eresie: ma costava assai, sì pei molti viaggi cui era obbligato, sì pei donativi con cui tutto s'otteneva colà, e per pranzi che duravano anche cinque ore, anzi fin dieci, in occasione della Dieta.
      Ne' Cantoni riformati ebbero ricovero molti Italiani. Basilea, entrata nella confederazione il 1501, era l'Atene svizzera, e testè uno spiritoso scrittore rifletteva come il Cinquecento ne fosse l'età più splendida per arti, lettere, scienze, ma che gli insigni furono cattolici, o almeno nati tali, e sotto al dogma refrigerante del protestantesimo conservavano il pensiero ideale e il fecondo succhio del cattolicismo. Il miglior quadro di Holbein è la Madonna di Dresda, col borgomastro di Basilea inginocchiatole avanti: di quel tempo è la elegante fontana di Alberto Durer; dell'età cattolica l'altra fontana colla guglia gotica, e il palazzo di città, e la stupenda porta del sobborgo di Spalen, le cui statue di santi vennero rispettate, mentre furono distrutti gli altari e i tabernacoli del Duomo, davanti a cui eransi prostrati gli avi, conservando però l'elegante pulpito del 1486. Ivi Opporino stampò settecencinquanta opere dal 1539 al 1568: lo seguì Pietro Perna, e quando lo storico De Thou lo visitò nel 1579 lo trovò vecchio che lavorava ancora con ardore di giovane.