Dopo la morte del magnifico Antonio e del commissario suo fratello, questa Chiesa restava talmente sprovvista d'uomini e mezzi, che a stento v'era da mantener il pastore... Ho dunque per benefizio del Signore che m'abbia liberato da tale trambusto e dalla misera colluvie del popolo... Mia moglie già da sei mesi sta a Locarno, dove fu costretta recarsi per la perduta salute: in breve tornerà, per dir addio a questo gratissimo popolo» (15 novembre 1561). Il Beccaria per altro di tempo in tempo rivedeva Mesocco, finchè per forza ne fu cacciato a istanza di san Carlo nel 1571.
      Questo santo addoloravasi del progresso dell'eresia in paesi contigui alla sua diocesi; onde fattosi a Roma nel 1582, n'ebbe titolo di visitatore pei paesi svizzeri e grigioni, anche sottoposti all'ordinario di Como. Non fu autorità a cui non avess'egli ricorso per ajuto in questa legazione: ai re di Spagna e d'Inghilterra, a Rodolfo imperatore, ai Cantoni cattolici, al vescovo di Coira, al duca di Savoja, ai Veneziani. Era il tempo che più ferveva la nimistà fra Cattolici e Riformati in Francia e in Inghilterra; a Parigi prevaleva la Lega che cacciò il re, e ch'era sostenuta dalla Spagna; per mezzo della quale il duca di Savoja sperava in quell'occasione recuperare Ginevra e i paesi toltigli dai Bernesi, come tentò; ma non si potè impedire che gli Svizzeri facessero alleanza colla Francia, e vi si unissero i Grigioni, a gran dispiacere de' Cattolici. Pertanto il Borromeo, scrivendo al Castelli vescovo di Rimini nunzio pontifizio in Francia, perchè intercedesse da re Enrico sicurezza e libertà a lui ed ai preti, «Fate però (gli diceva), che i Grigioni non sentano che io ci vado qual legato del papa; questo sol nome ogni cosa perderebbe. Si dica un privato mio viaggio; col qual titolo, senza scemare il frutto, consolerò quei popoli.