Come avea fatto rinviare dal Governo di Bellinzona il Beccaria e il Trontano, sperava fare di Mesocco il punto d'appoggio del rinnovato cattolicismo nella Rezia, dicendo che, essendo questo paese uno Stato sovrano, già feudo dei Trivulzj milanesi, ed or liberamente collegato ai Grigioni, non andava sotto alle leggi di questi. Dovea porvisi una stamperia cattolica, da opporre alla protestante di Poschiavo; e il palazzo dei Trivulzj ridursi a collegio de' Gesuiti.
      Fin tra le cure che ponevangli assedio negli ultimi suoi giorni, il Borromeo s'occupava d'ottenere, se non pace, almeno tregua ai Cattolici di colà; e teneva corrispondenza con re Filippo II d'affari sì intimi, che non si affidavano alle carte, ma comunicavansi a voce col Terranova, allora governator del Milanese.
      Dal 1578 in poi, un nunzio pontificio risedette sempre nella Svizzera, per quanto se ne adombrassero le potenze alleate: si fondarono scuole di Cappuccini ad Altorf per le classi inferiori, e di Gesuiti per le superiori a Lucerna, ai quali Gregorio XIII assegnò seicento zecchini annui, oltre gli allievi che manteneansi ne' collegi di Milano e di Roma. Anzi, Lega borromea o Lega d'oro fu detta quella che i Cantoni cattolici strinsero col re di Spagna per conservar la Chiesa e la pace; e i membri di essa obbligavansi «di vivere e morire nella sola vera e antica fede cattolica, apostolica, romana, essi e l'eterna loro posterità».
      Anche il cardinale Federico Borromeo s'adoprò a tener in fede la Mesolcina, e vi mandava sempre sacerdoti e maestri. Nel 1609 vi erano pretore Simeon De Negri, e cancelliere un Sanvico, i quali, ricordandosi che un tempo vi sedeva un ministro protestante, anche allora lo chiamarono. Il popolo se ne indispettisce, eccitato anche da Antonio Gioerio, e irrompendo ove quello celebrava, abbattono la campana, insozzano il tempio, bruciano i sedili.