Pio IV elesse una congregazione che le coreggesse, rintegrando ciò ch'era mutilato, sceverando lo spurio dal sincero, e riassettando la cronologia. Dissipate le false Decretali, l'autorità pontifizia si trovò più solida perchè più misurata, e venne rigenerato il diritto ecclesiastico, il cui corpo si potè pubblicare sotto Gregorio XIII.
      La baldanza d'un recente trionfo, o lo sforzo di chi dissimula la sconfitta apparve nel ridestare, in un secolo di dubbio e di negazione, le pretensioni che, in una età organica, aveano accampate Gregorio VII e Innocenzo III, e asserire di nuovo il predominio illimitato della Chiesa sopra lo Stato; il papa superiore a qualunque giudizio, e decaduto il re che uscisse dal grembo cattolico. L'atto formale di queste pretensioni fu la bolla, detta in Cœna Domini perchè doveasi leggere solennemente ogni giovedì santo. Antica e più volte aumentata, ebbe l'ultima mano da Paolo V, e suole citarsi come il massimo dell'arroganza papale. Tralasciando i punti di minor rilievo, e spogliandola delle frasi adatte al tempo e alla curia, essa in ventiquattro paragrafi scomunica gli eretici di qualsia nome, e chi li difende, o legge libri loro, o ne tiene, ne stampa, ne diffonde;
      chi appella dal papa al Concilio, o dalle ordinanze del papa o de' commissarj suoi a' tribunali laici;
      i pirati e corsari nel Mediterraneo, e chi depreda navi di Cristiani naufragate in qualunque siasi mare;
      chi impone nuovi o rincarisce antichi balzelli o tasse o pedaggi a' suoi popoli;
      chi somministra ai Turchi cavalli, arme, metalli, o altre munizioni da guerra, o vi dà consigli;
      chi offende nella persona i cardinali, patriarchi, vescovi, nunzj, o li caccia dalle proprie terre; o giudici e procuratori deputati sopra cause ecclesiastiche, o vieta di pubblicar le lettere apostoliche o i monitorj;