Ma i frati la zelavano a rigore; guai a parlare di tasse sui beni ecclesiastici! negando l'assoluzione a magistrati, cagionarono tumulti ad Arezzo, a Massa marittima, a Montepulciano, a Cortona. E sparnazzavasi il nome d'eretici, tale considerando chi disobbediva a un ordine papale.
      A Genova era proibito tener assemblee presso i Gesuiti, pretestando vi si facessero brogli per le elezioni; l'Inquisizione vi fu sempre tenuta in freno, e dopo il 1669 sottoposta alla giunta di giurisdizione ecclesiastica. Stefano Durazzo arcivescovo, martire della peste del 1556, interminabili dispute sostenne col doge sul posto che gli competesse nel presbitero144, e sul titolo d'eminenza; non soddisfatto, negò coronare il doge, e la lotta si prolungò anche dopo che l'arcivescovo ebbe abdicato.
      I governatori di Milano alle riforme di Carlo Borromeo opponevano i diritti regj, e quel senato i privilegi della Chiesa milanese; e Pio V scrivendogli gli rammentava che nulla re magis sæcularis potestas stabilitur et augetur, quam amplificatione et autoritate ecclesiasticæ ditionis; quidquid ad spirituale patrimonium firmamenti et virium accedit, eo temporalis status maxime communitur; nam observantia et pietas principum et magistratuum in ecclesiarum antistites, populos ipsis adeo praebet obedientes, ut fatendum sit regnorum ac statuum incolumitatem uno illo ecclesiastici juris præsidio145 tanquam fundamento contineri, quod utinam contrariis ad multorum exitium exemplis non pateret.
      Già dicemmo di san Carlo. Il suo cugino e successore Federico Borromeo due volte per queste dispute dovette viaggiare a Roma; minacciò di censure chi trafficasse con Svizzeri, e Grigioni eretici, e scomunicò il governatore perchè, col proibire le risaje nelle vicinanze delle città, arrogavasi giurisdizione su possessi ecclesiastici146.