Il regno di Napoli se ne trovava viepiù compromesso, attesa la sua feudale dipendenza dalla Santa Sede. Filippo II re di Spagna con qualche restrizione ricevette i decreti del Concilio tridentino, e il 2 luglio 1564 ordinò al vicerè di Napoli, di pubblicarli perchè fossero osservati anche in questo paese, protestando però non si derogava con essi alle preminenze regali, nè ai patronati regj, od altri diritti della sovranità. Esaminatili, il reggente vi trovò molti punti che pregiudicavano tali diritti. Così il Concilio infligge scomunica e multa a chi stampa libri sacri senza licenza del vescovo; or se alla Chiesa spetta la censura, spetta al principe il consentire o no la stampa. Per certi casi si dà licenza ai vescovi di procedere contro ecclesiastici e secolari colla scomunica non solo, ma collo sfratto e con pene pecuniarie anche forzose: ora l'esecuzione è attributo regio. Ad essi vescovi è pure conferito l'approvare i maestri e professori, e con ciò s'intacca l'autorità del principe e delle Università. Per fondar nuove parrochie o seminarj, il vescovo può imporre decime, oblazioni, collette sul popolo; mentre questo diritto è inerente alla sovranità, e non alla podestà ecclesiastica. Così la visita e amministrazione di tutti i luoghi pii e spedali e confraternite, il rivederne i conti, il commutar la volontà de' testatori, l'imporre pene ai laici e patroni che malversino le rendite e ragioni di loro chiese, il sottrarre ai tribunali secolari i chierici tonsurati, sono atti che assottigliano la giurisdizione civile. In quel regno, per abitudine antica, le censure ingiuste o nulle erano fatte revocare, e ciò il Concilio proibiva; come colpiva di scomunica e fin privazione di dominio i principi che permettessero il duello; ai combattenti e padrini, oltre la censura, infliggeva la confisca dei beni e perpetua infamia.