Pertanto il Concilio fu lasciato divulgare, ma senza pubblicazione solenne, e si tenne in non cale ogni qual volta paresse pregiudicare la regalia; nè bolla o rescritto di Roma valea senza l'exequatur regium, e poichè il papa di ciò si offendeva, Filippo II gli scrisse non volesse porsi all'avventura di veder di che cosa fosse capace un re potente spinto all'estremo.
      Nuovi urti cagionò la bolla in Cœna Domini, alla quale il vicerè duca d'Alcala risolutamente si oppose, fino ad arrestare i libraj che la stampassero; fu condannato alle galere uno che aveva pubblicato l'opera del Baronio contro il privilegio d'esenzione, chiamato la Monarchia Siciliana, pel quale al re competevano le divise e i diritti di legato pontifizio147. Di rimpatto i vescovi pretendeano giurisdizione sui testamenti, e per qualche tempo tenere i beni di chi moriva intestato, applicandone una parte a suffragio del defunto: nei casi misti, cioè di sacrilegio, usura, concubinato, incesto, spergiuro, bestemmia, sortilegio, potesse procedere il fôro ecclesiastico o il secolare, secondo che all'uno o all'altro fosse prima recata la querela; donde inestricabili altercazioni. Il popolo vi trovava il suo conto, perocchè nel 1582 essendosi messa la gabella d'un ducato ad ogni botte di vino, il cappuccino frà Lupo uscì minacciando di grave castigo celeste quei che la pagassero o la esigessero. Pensate se vi si diede ascolto: tanto che fu dovuta sospendere. Nè pochi vescovi proibivano l'esazione delle gabelle nella loro diocesi, in forza di quella bolla: e la Piazza di Nido a Napoli ricusò un dazio nuovo, perchè non approvato dal papa. E il papa vi dava rinfranco, e minacciava interdire la città; fu respinto dal confessionale e privato del viatico chi, ne' consigli vicereali, aveva opinato in contrario, e il famoso reggente Villani a stento ottenne l'assoluzione in articolo di morte.