Per tal operare i doveri di suddito trovavansi in conflitto con quelli di cristiano, nè vedeasi via di composizione. S'aggiungano a ciò le citazioni che faceansi alla Curia di Roma, e i visitatori apostolici che il papa mandava nel regno per esiger le decime, ed esaminare le alienazioni indebite di beni ecclesiastici, e se adempiti i legati pii; se no, trarli a vantaggio della fabbrica di san Pietro.
      Privilegi ecclesiastici consentiti all'autorità secolare rendevano la Sicilia indipendente da Roma, ma la sottomettevano alla Spagna e all'Inquisizione, che quivi potea più che in altro paese d'Italia, elidendo la giurisdizione dei vescovi, oppugnando la resistenza dei vicerè, e alle prepotenze de' baroni opponendo la secreta efficacia de' foristi o famiglia del Sant'Uffizio. Avendo il duca di Terranuova mandato in galera un orefice ladro, di Spagna gli venne ordine di rilasciarlo perchè era forista del Sant'Uffizio, pagargli ducento scudi per indennità, e far pubblica penitenza. Essendo nel 1602 bandito un Mariano Alliata forista, il Sant'Uffizio intimò ai giudici lo ripristinassero; e non obbedito, li scomunicò; e perchè l'arcivescovo gli assolse dalla scomunica, il Sant'Uffizio scomunicò l'arcivescovo. Questi ricorre al vicerè marchese di Feria, il quale manda contro gli Inquisitori due compagnie d'alabardieri col connestabile e il manigoldo; e gli Inquisitori dalle finestre del convento scomunicano costoro e chiunque vi dà ajuto: i soldati sfondano la porta; ma trovando i frati assisi in giro e tranquilli, non osano far violenza; al fine il dissenso è accomodato ritirando l'interdetto e consegnando il delinquente agli Inquisitori148.
      I principi mal tolleravano queste restrizioni alla loro autorità, e che si avessero giudizj non solo, ma armi indipendenti dall'unità di governo che andavano introducendo.