Deporre i re non può ad arbitrio, se pur non sieno suoi vassalli; ben può mutarne il regno ad altri, ove lo esiga la salute delle anime, e qualora egli pronunzii, una nazione deve cessare d'obbedirgli154.
      Questo sistema giuridico insieme e storico è quel che noi esponemmo dominare ne' tempi ove professavasi regnante Cristo. Alla monarchia pura antepone il Bellarmino quella temperata dall'aristocrazia; e se pur dice che il papa può l'ingiustizia render giustizia, convien ricordarsi che Hobbes attribuiva lo stesso diritto ai re155.
      La sua opera spiacque grandemente a Napoli e a Parigi; neppure gradì a Roma, e Sisto V la pose all'Indice, ma contro il voto della Congregazione, sicchè ben tosto ne fu depennata; e ad attestarne il merito basterebbe sapere che ben ventidue opere uscirono a confutarlo156, anzi si eressero cattedre a posta per ciò.
      Nel 1585 comparve un Avviso piacevole dato alla bella Italia da un giovane nobile francese. Secondo il De Thou è opera di Francesco Peratto, calvinista, che vi costipa quanto di peggio dissero contro del papa i classici nostri, poi altri, e sostiene ch'esso è l'anticristo, e che il ben d'Italia vorrebbe fosse sterminato. Vi rispose il Bellarmino coll'Appendix ad libros de summo pontifice, quæ continet responsionem ad librum quendam anonymum, e vi sostiene che la bellezza d'Italia «in ciò consiste, che non è contaminata da veruna macchia d'eresia nè di scisma».
      Eppure com'egli sentisse la necessità di riguardi e transazioni il mostrano certe istruzioni che dirigeva ad un nipote vescovo, tra il resto dicendogli: «Viviamo in un tempo dov'è difficilissimo tutelare le libertà ecclesiastiche senza incorrere nell'indignazione dei poteri secolari. D'altro lato, se noi siamo timidi o negligenti, offendiamo Dio stesso e il glorioso suo vicario. Bisogna col nostro modo di operare mostrar ai principi e ai loro ministri che non cerchiamo occasioni di cozzare con essi, ma che il solo timor di Dio e l'amore del suo nome ci determinano a difendere le libertà della Chiesa.