Et omnes qui illis dati erunt pro hæreticis per dominum patriarcam Gradensem, episcopum Castellanum, vel per alios episcopos provinciæ ducatus Veneciarum, comburi faciemus de consilio nostrorum consiliariorum vel majoris partis ipsorum. Il 4 agosto 1289, ad istanza di Nicola IV s'introdusse l'Inquisizione, composta di tre giudici, che erano il vescovo, un domenicano e il nunzio apostolico: però non poteano seder a tribunale senza commissione sottoscritta dal doge: solo dal doge poteano aver ajuto nel loro uffizio: si depositerebbe una somma presso un deputato del Comune, il quale ne farebbe le spese, e ne riceverebbe tutti gli emolumenti e benefizj: vi assisterebbero tre savj dell'eresia, incaricati dal doge per impedire gli abusi e tener informato il Governo delle prese deliberazioni. Procedere doveano unicamente contra l'eresia; non contra Turchi ed Ebrei i quali non sono eretici; non contra Greci, perchè la loro controversia col papa non era ancora stata decisa; non contra i bigami, perchè, il secondo matrimonio essendo nullo, aveano violato le leggi civili, non il sacramento; gli usuraj pure non intaccavano alcun dogma: i bestemmiatori mancavano di riverenza alla religione, non la negavano: nè tampoco fatucchieri e stregoni doveano esser competenza di quel tribunale, salvo che si provasse aveano abusato de' sacramenti. Le ammende ricadevano all'erario, e agli eredi i beni de' condannati.
      Essendo denunziato un libro favorevole alle opinioni di Giovanni Huss, la Signoria lo fece ardere, e l'autore mandò attorno colla mitera in capo, indi sei mesi di prigione e nulla di peggio. Viepiù tollerante era verso gli Ebrei, come negoziatori. L'ingegnere Alberghetti nel 1490 ideò un congegno nuovo, e per applicarlo essendosi associato ad alcuni Ebrei, domandò al collegio se l'ordinanza 19 marzo 1414 relativa ai privilegi fosse applicabile anche agli Ebrei.