E il 3 agosto 1549: «Sopra due eretici di Padova, per aver un poco di querela fondata contra di loro, si è commesso al vicario che faccia un poco di esamine secreto, e si vedrà di farli venir qua».
      Infine il 9 novembre all'eletto di Pola a Roma: «Facendo io jermattina instanza in Collegio per aver il braccio secolare per il Grisonio nelle eresie di Conegliano, il principe m'interruppe dicendo, che aveano fatto un'esecuzione molto laudabile contra quei di Digiano ecc. e che si avvertisse che i preti che si poneano in luogo dei contumaci fossero buoni, e sedessero là per sanar e correggere quanto aveano infettato questi ecc.»
      Nel 1546 Baldassare Archiew inglese domandava al senato licenza di rimaner in Venezia come residente per la sua nazione, e presentar lettere di cui lo aveano incaricato i principi di Germania. Sul consentirglielo si disputò per molti giorni. Michele Barozzi sostenea che in paese cattolico non poteasi tollerare un residente eretico, per cui favore l'eresia troverebbe modo d'insinuarsi: ma il Pesaro riflettea trattarsi di Stato, non di fede: i Protestanti erano grandi principi, occupavano mezza Europa, si opponevano all'imperatore, di che tornava vantaggio a Venezia: se poi si volesse aver riguardo alla fede, ben altri rigori occorrerebbero per reprimere la simonia. Il Barozzi replicava che la domanda dell'Archiew riguardava appunto la fede, poichè tendeva a procacciarsi stabile e riconosciuto dominio in Venezia, e perciò arbitrio di parlar liberamente, spacciare suoi libri, e scandolezzare i Cattolici coi liberi modi di protestante. Il Trevisan insisteva, i Protestanti non mandare certo a trattar di fede, bensì di Stato: i principi tedeschi non cercare che la conservazione della propria libertà e degli interessi religiosi: solo per questi, dopo ventinove anni che professavano la nuova fede, essersi ora uniti in lega spedendo nunzj alle diverse potenze, fra cui anche a Venezia, dirigendole per mezzo dell'Archiew una lettera alla quale sarebbe scortesia il non rispondere: come sarebbe improvido il non tenersi amica una Lega tanto potente.